Das Familienhaus Magdeburg ist als gemeinnütziger Verein, gemeinnützige GmbH  und UG (haftungsbeschränkt) organisiert. Der Verein wurde 2007 gegründet und wird durch einen dreiköpfigen, ehrenamtlich arbeitenden Vorstand vertreten. Der Verein ist Mehrheitsgesellschafter bei der gemeinnützigen Familienhaus Magdeburg GmbH und Hauptanteilgesellschafter der Familienhaus Magdeburg Hilfe UG (haftungsbeschränkt). Beide Gesellschaften werden durch die Geschäftsführer Marina Wölk und Thorsten Giefers gemeinschaftlich geleitet. Die gemeinnützige Familienhaus Magdeburg GmbH ist die „soziale“ Gesellschaft. In ihr sind die Erziehungshilfen, die sozial-pädagogischen Projekte und der gemeinnützige Betrieb des Familienhaus im Park und des Familienhaus Börde organisiert. Hinzu kommen Flohmarkt und Schulbegleitung als Dienstleistung. Die Familienhaus Magdeburg Hilfe UG managt die Bereiche Gastronomie, Veranstaltungs- und Vermietungsmanagement des Gesamtgefüges.